台湾许多宗亲的根在三明。据不完全统计，迁台宗亲与三明各地姓氏中有血缘关系的达100多姓，仅宁化县就有90多姓。目前，与台湾姓氏有密切联系的有宁化巫氏、泰宁邹氏、大田连氏和萧氏、清流马氏、永安陈氏和李氏，沙县罗氏等宗亲。

近10年来，三明以明台寻根谒祖、族谱对接活动为重点，加强与台湾姓氏源流研究和族谱研究工作，通过现有20个有比较密切联系的姓氏宗亲，加强双向交流——组织开展对台寻根谒祖、学术研究和祭祀活动等宗亲文化交流活动，增进台湾同胞尤其是第二、三代台胞对“根”、“祖”、“脉”的认同。这其中，包括根在三明的部分台湾地区政界知名人士，也纷纷通过各种方式与祖地三明进行交流互动：台湾地区领导人马英九，是马氏入闽始祖马发龙的第37代裔孙。2011年3月12日，清流南山马氏宗祠修复竣工暨省级文物保护单位揭牌典礼举行，他专门派特使、台湾世界马氏宗亲总会理事长马潮代表他本人参加庆典。中国国民党荣誉主席连战，是连氏入闽始祖连总的第42代裔孙；2008年，应福建大田连氏宗亲联谊会之邀，连战专门为祖地——大田县魁城连氏宗祠龙井祠作了题词。2009年，大田萧氏林埔肇基始祖萧遵第33代裔孙、时任台湾地区副领导人萧万长也为祖地——大田萧氏林埔大宗祠作了题词。

1988年7月，台湾东南大学教授、桃园县观音乡籍邹氏裔孙邹吉春从连城县志和族谱中查明，邹应龙原墓在泰宁水南街南谷山坞。他当即赶到泰宁寻根谒祖，查阅了清乾隆时《泰宁县志》和《寿朋堂邹氏族谱》，证实了泰宁南谷堂、状元陵确属台湾邹氏裔孙发祥祖庭，心情十分激动和欣慰。他回台湾后，台北、桃园、苗栗、新竹、中枥等市县邹氏裔孙开始组织拜祖团，每年都到泰宁祖地寻根祭祖，掀起了认祖归宗、探索祖源的热潮。2007年8月泰宁举办纪念邹应龙诞辰835周年活动，包括台湾邹氏宗亲在内的1000多人参加了活动，募集“南谷堂”修建资金300多万元。

2007年10月，首届海内外巫氏文化节在宁化巫罗俊怀念堂举行。而怀念堂就是在1992年由台湾巫氏宗亲总会发起推动捐资重建的。由此，它成为海内外包括台湾巫氏宗亲寻根谒祖的重要场所，成为海内外尤其是明台开展文化交流，促进经贸往来的重要纽带。自1988年至今，台湾巫氏宗亲已20多次组团来宁化寻根谒祖、参加联谊活动。宁化海内外巫氏宗亲联谊总会也多次率团赴台参加巫罗俊公神位暨祖宗牌位安座大典、彰化县巫氏宗祠(台湾巫氏会馆)落成典礼等联谊活动。近30年来，宁化巫氏与台湾巫氏宗亲文化交流呈现良好互动态势，被称为“宁化巫氏”现象。

2012年以来，沙县罗从彦研究会、三元王氏宗亲会、泰宁县邹应龙文化研究会、清流马氏宗亲会、宁化巫氏宗亲会、将乐弘农杨氏宗亲会、尤溪陈氏宗亲会等组成30多批次的民间宗亲交流团赴台交流，深化了两岸同乡同胞的情谊。如，2014年5月，沙县罗氏宗亲组成20人团组应邀赴台参加“世界赖罗傅姓第16届代表大会”，邀请台湾赖罗傅宗亲会参加在沙县举办的纪念理学先贤罗从彦诞辰942周年活动，达到了交流效果。民间宗亲交流团组通过看望、慰问台湾各地三明籍去台人员、大陆新娘等，逐步建立三明市台属联谊会、宗亲会等基层民间组织与台湾各地同乡会、宗亲会建立常态化交流机制，巩固宗亲情谊，拓宽交流渠道，使两岸宗亲交流逐步走向常态化。